Los nidos de cigüeña pueden formar microhábitats habitados por comunidades de invertebrados. Entre ellos ácaros parasitarios de vertebrados que pueden tener efectos negativos sobre las aves. En nidos plurianulaes utilizados en años consecutivos el vacío durante la migración pueden ayudar a reducir la cantidad de especies de ácaro parasitarias. Para investigar estas comunidades de ácaros y los cambios en su composición estudiamos 12 nidos de cigüeña blanca (Ciconia ciconia) y 5 nidos de cigüeña negra (Ciconia nigra) de la provincia de Ciudad Real en marzo. Los ácaros fueron extraídos del material de nido de las cigüeñas con embudos de Berlese- Tullgren, utilizando una bombilla como fuente de calor. Se realizaron preparaciones microscópicas permanentes para la identificación morfológica y separación por morfogrupos combinado con la secuenciación no destructiva del ADN (DNA Barcoding). Los exoesqueletos de los ácaros volvieron a usarse después como patrón de identificación morfológica. Se identificaron 13 familias taxonómicas de ácaros. La mayoría son especies depredadoras que viven en la superficie del suelo, musgo y en los desechos de animales y se alimentan de artrópodos o sus huevos. También se identificaron familias de especies presa, que se alimentan de restos orgánicos y constituyen presas para las especies depredadoras. Se obtuvieron mayores cantidades de ácaros en los nidos de cigüeña blanca correspondiendo la mayoría al orden Astigmata. En los nidos de cigüeña negra las especies más numerosas fueron del orden Prostigmata pertenecientes a la familia Eupodidae. Las especies de ácaros parasitarias de vertebrados fueron detectadas en nidos de cigüeña negra y en nidos de cigüeña blanca que se ausentan de sus nidos durante varios meses, pero no en los nidos de ocupación casi continua. Aunque serán necesario estudios adicionales los datos obtenidos hasta ahora no evidencian una ventaja para las cigüeñas que realizan desplazamientos largos a la hora de escapar de los parásitos externos que habitan los nidos.
